Michael Bojesen er idag anerkendt som en af Danmarks førende kordirigenter, både af a cappella repertoire og store oratorieopførelser. Han optræder jævnligt som orkesterdirigent med landsdelsorkestrene. Michael Bojesen underviser i direktion på Det Kgl. Danske Musikkonservatorium, og er meget efterspurgt som kordirigent og instruktør herhjemme og i udlandet, foruden at være produktiv som komponist. I denne egenskab blev han kåret som “Årets korkomponist” i 1998. I 2001 blev han udnævnt som chefdirigent for DR Radiopigekoret.